Research

The target of our group is to reveal new function of non-coding mainly regulatory RNAs. We believe that chemical RNA modifications are responsible for the vast majority of various RNA functions. Only few of them have been so far discovered, mainly because of the lack of sensitive methods. Recently, UPLC/MS was used for discovery of two new RNA modifications NAD and CoA in prokaryotes. Thanks to NAD captureSeq it was found that NAD is covalently attached to 5´end of some regulatory RNAs and short fragments of certain mRNAs in prokaryotes and eukaryotes. It was also found that such RNA is more stable and less prone to degradation by exonucleases. We suggest that viruses are perfect model systems for searching for new RNA modifications, as they have simple intrinsic organization and they are amplified in infected cells. We concentrate on the clinically relevant viral strains (e.g. HIV, Picornaviruses and Vaccinia Virus) and the development of new capturing methods for known RNA modifications of viral or bacterial RNAs as well as on the methylation profiling of viral RNA. In the next phase, we will study function, biogenesis and biodegradation of viral RNA modifications.

Cílem naší skupiny je nalézt nové funkce nekódujících převážně regulačních RNA. Věříme, že chemické RNA modifikace jsou zodpovědné za velkou část různých funkcí RNA. Nicméně, pouze některé z těchto funkcí byly zatím objeveny a to především z důvodů nedostatečně citlivých metod, které má dnešní věda k dispozici.  Nedávno byly díky UPLC/MS objeveny dvě nové RNA modifikace CoA a NAD. NAD bylo pomocí tzv. NAD captureSeq detekováno na 5’ konci některých regulačních a mRNA jak u prokaryot tak eukaryot. V našem výzkumu využíváme viry jako ideální modelové systémy pro objev a odhalení funkce RNA modifikací. Viry mají jednoduchou vnitřní strukturu a jsou namnoženy v hostitelské buňce. Soustředíme se na klinicky relevantní viry (např. HIV, Picornaviry a Vaccinia Virus) a na vývoj tzv. vychytávacích technik, které by nám umožnily identifikovat RNA sekvence obsahující různé RNA modifikace. V dalších letech se budeme soustředit na odhalení funkce, biogenese a biodegradace nových RNA modifikací.